[溶剂环境建模] 厦门市环境保护局 溶剂空桶
目前人们普遍关注现实的宏观分子模型的发展,本书介绍了准确高效的溶剂环境建模方式的最新进展。自始至终,本书的重点都放在这种模型在生物工程模拟研究中的应用,其覆盖面相当广泛,且可以推广到其它的系统。
生物宏观分子的计算机模拟已经成为现代生物技术不可分割的一部分,在许多方面,相关技术的发展正逐渐成为一个成熟的领域。然而,人们仍然十分关注溶剂模型。一方面,精确的溶剂环境建模对反应溶剂在确定生物分子的结构和动态时所起的关键作用是必不可少的;另一方面,溶剂建模的计算成本经常比模拟一个给定的生物分子溶质的成本高的多。为什么现代生物分子模拟仍然限制在主要对单个分子模拟,为什么生物时间尺度经常不能使用比较重要的计算机资源,对于这些问题,本书给出了很好的解释。
本书分为12章,1.生物分子溶剂化理论与实验;2.基于流体统计力学的生物化学模型自由的溶剂建模;3.从解决方案的微观结构发展力场:柯克伍德一巴夫方法;4.渗透调节物质对蛋白质稳定性的影响:理论和实验的展望;5.通过水的局部性质模拟水溶剂效应;6.一般的出生模型的连续静电溶剂模拟;7.隐式溶剂力场优化;8.模拟蛋白质在隐式溶剂中的溶解度;9.报化连续处理的快速分析;10.特定的水粗粒潜力的发展;11.生物分子在极化的粗粒溶剂中的分子动态模拟;12.在生物溶剂中模拟静电极化。
本书全面地描述了许多最近发展起来的新方法,并比较了它们各自的优缺点,涉及的知识面宽广,从基于统计力学的方法到流行的平均场形式、粗粒度的溶剂模型、充分原子溶剂模型等。
本书语言简洁生动,结构清晰合理,对于从事生物化学研究的人员,既能从本书系统的介绍中了解溶剂环境建模的最新发展,也能从中获得研究的灵感和启发。
孙方敏,博士生
