基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点|碱基三联体
发布时间：2019-02-16 04:08:55 影响了： 人
摘要：基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料，构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵，整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i，提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA)。利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验，均获得了较高的预测成功率。结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81％，明显高于单碱基位置权重矩阵。同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较，核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52。优于现有预测方法。
关键词：转录因子结合位点(TFBS)；位置权重矩阵(PWM)；碱基保守性
中图分类号：Q61
文献标识码：A
文章编号：1007－7847(2008)02－0115－06 本文为全文原貌 未安装PDF浏览器用户请先下载安装 原版全文